Chakra jest to swego rodzaju moc, dzięki której użytkownik może stworzyć wiele technik. Chakra znajduje się w każdej komórce ciała, jej główne punkty przepływu zwane są "tenktetsu" i jest ich 361. Za pomocą róznych metod, najczęściej za pomocą ręcznych pieczęci można manipulować chakrą, aby stworzyć wiele technik np. "Bunshin no jutsu". Kiedy poziom Chakry spadnie do zera użytkownik umiera a rzadziej zapada w śpiączkę.  Chakra jest też wykorzystywana w elementarnych ninjutsu (wiatr-futton, ziemia-doton, woda-suiton, ogień-katon i błyskawica-raiton). Odkrywcą potencjału chakry jest Mędrzec Sześciu Ścieżek, który chciał wykorzystać ją do stworzenia pokoju i nauczał o niej mówiąc o niej nishu, które przekształciło się w Ninjutsu.
__________
Natury Chakry:

Wyróżnia się pięć głównych elementów chakry: wiatr-futton, ziemia-doton, woda-suiton, ogień-katon i błyskawica-raiton. Każdy ninja posiada jedną naturę chakry z której tworzy różnego rodzaju ninjutsu opierających się właśnie na danym żywiole, ninja na poziomie jounina mogą odkryć drugą naturę, oczywiście są różne przypadki w których ninja posiada więcej niż dwie natury np. posiadacz rinnengana może perfekcyjnie kontrolować wszystkie pięć natur. Oprócz podstawowych natur chakry, wyróżnia się inne np. lód-hyoton, Lawa-Yoton i drewno-mokutom. Jest jeszcze wiele innych dodatkowych natur, jednak tylko posiadacze Kekkei Genkai mogą stworzyć dany żywioł.